Svētā Jāņa baznīca ir otrs (līdztekus Viduslaiku pilij) ievērojamākais arhitektoniskais objekts Cēsīs un viens no vecākajiem viduslaiku arhitektūras pieminekļiem Latvijā. Tā ir viena no senākajām un varenākajām sakrālā kulta celtnēm Latvijā. Baznīca tika celta 13.gs. sākumā Baltijas kristianizācijas laikā, Livonijas ordeņa vajadzībām, jo Cēsīs atradās ordeņa residence.Cēsis un Sv. Jāņa baznīca ir viena no pirmajām vietām mūsu valstī, kas pievērsās reformācijai un kļuva par vienu no reformācijas centriem Ziemeļlatvijā. Baznīca ir kalpojusi pat par zirgu stalli Jāņa Briesmīgā armijas zirgiem 1577.gadā Livonijas kara laikā. 1582.gadā Livonijas kara rezultātā Cēsis un arī baznīca nonāk poļu rokās, un viņu valdīšanas laikā sākās kontrreformācija. Šajā gadā Polijas karalis Stefans Batorijs nodibināja Livonijas bīskapiju un Sv. Jāņa baznīca kļuva par Inflantijas katoļu bīskapa katedrāli. Aktīvākie rekatolizācijas darbinieki bija jezuīti, kuru kolēģijas bija izvietotas Rīgā un Cēsīs. Cēsu katedrālē darbojās un tajā tika apglabāti bīskapi Andreass Patrīcijs Nideckis (1583.-1587.) un Oto fon Šenkins (1587.-1621.). 1620.gadā miris un baznīcā apglabāts jezuītu kolēģijas loceklis, latviešu literatūras vēsturē pazīstamais Ērdmans Tolgsdorfs. Viņš ir pazīstams kā pirmās līdz mūsu dienām nonākušās grāmatas – Pētera Kanīzija katoļu katķisma tulkotājs. Cēsīs viņš mira un tika apglabāts Sv. Jāņa baznīcā. Šajā pašā laikā no 1615.- 1620. gadiem Cēsīs aktīvi darbojās katoļu garīdznieks Georgs Eglers (izveidoja un sakārtoja pirmo katoļu dziesmu grāmatu latviešu valodā).